围绕着农产品专项整治的各项任务和目标，农产品专项整治着力开展了六个方面的工作。
　　一是迅速部署安排，因地制宜地确定农产品专项整治目标和任务。全国专项整治电视电话会议后，农业部牵头立即成立了包括农业部、国家发改委、公安部、商务部、海关总署、工商总局、质检总局、环保总局等８个部门组成的农产品整治组，并迅速抽调人员集中办公。同时，成立了以孙政才部长为组长的农业部农产品质量安全专项整治领导小组，负责统筹协调专项整治工作，统一部署有关重大行动。各成员单位根据国务院产品质量和食品安全领导小组的安排，结合农产品质量安全实际状况，农产品整治组迅速制定了《农产品整治组工作实施方案》、《农产品质量安全专项整治工作具体实施方案》，明确了农产品专项整治的四个目标、三个重点、六项行动，提出了１２个１００％具体工作指标、２０个阶段性目标。同时，中央纪委监察部驻农业部纪检组监察局发出通知，要求各级农业部门纪检监察机构在专项整治中要切实履行好纪检监察职责。各部门、各行业、各地区根据国务院方案和农产品整治组工作方案的要求，均成立了领导组织机构，结合工作实际，迅速行动，精心部署，进一步细化、实化本部门、本行业、本地区的工作方案，确保各项整治任务分工明确，责任到单位、到人。
　　二是加强督导检查，全面推动农产品专项整治向纵深发展。为落实属地责任，推动专项整治纵向到底、横向到边，孙政才部长等多位部领导带队，先后赴１６个省（区、市）开展了２５次督查活动，检查指导各地农产品质量安全专项整治工作。农产品整治组有关成员单位先后派出１００个督查组，赴３０个省区市的县、乡、基地、市场，督导地方深入开展农产品整治工作。同时，各省（区、市）农业等有关部门负责人也亲自带队赴基层督查，推进农产品专项整治工作全面向县乡和生产基地延伸。从督导情况看，各级党委、政府均已将农产品质量安全工作摆上重要议事日程，专项整治措施抓得紧、落得实，全国除西藏外，３０个省（区、市）均已将整治工作１００％延伸到县。
　　三是突出关键环节，切实加强对农业投入品、生产基地和批发市场的监管。农业部门坚持堵疏结合，加强农药尤其是高毒农药的市场监管，撤销了７家企业１１个高毒农药的登记许可，启动了“全国农药监督管理网络联动系统”，加大高毒农药查处、收缴力度。在环保部门的大力支持下，农业部全力督促，各地共同努力，收缴的高毒农药已经全部销毁，破解了近十年来一直没有得到很好解决的难题。农业和工商部门引导和督促１７万个涉及农产品的市场１００％建立了索证索票制度，７３．７万公斤不合格农产品被及时退市，全国工商机关还查处了不合格农产品案件１９１１起。质检部门加强对农资生产的监督检查，查处违法案件２３６４４起。农业部门加强对饲料生产企业的监督检查，各地共检查饲料生产企业１５８３３家，查处违法违规企业１４０家，检测饲料中违禁药品２００２批次，合格率达９８．９％。开展了兽药清查活动，加大了对兽药违法案件的督办力度。各地检查了兽药生产使用单位３０１０３家，兽药抽检合格率提高了２个百分点。对全国５２件阳性水产品生产企业进行了严肃查处。同时，加大了无公害农产品、绿色食品和有机食品等“三品”基地的监督检查，各地共检查“三品”生产基地６４２８个，抽查获证企业８９６３家，产品１８４６４个，“三品”质量合格率平均超过９８％。撤销了存在严重质量安全问题的４８个基地（企业）的产地（产品）证书，责令２４８家管理不规范的企业限期整改，彻底扭转了农产品认证企业重认证、轻管理的倾向，维护了品牌产品信誉。推动农产品市场落实质量安全自检责任，各地不仅将大中城市农产品批发市场纳入监测范围，山东等地还将监测面扩大到县级城市农产品批发市场。
　　四是强化培训服务，坚持把标准化生产技术送到田间地头、送到农民手中。为加快农业标准制修订和地方标准向行业标准转化的步伐，农业部发布了农药残留限量及检测方法、农产品产地编码、农产品追溯编码、兽药残留和转基因生物安全检测方法等３２５项农产品质量安全标准。加大标准化实施力度，积极推行现代农业生产模式，大力推广清洁生产技术，指导农民专业合作组织、农产品生产经营企业和种养大户普遍建立生产经营档案，完善操作规程，加强规范化管理，充分发挥其对农户标准化生产的示范带头作用。会同中国科协等１６个部门颁布了《农民科学素质教育大纲》，明确了农民科学素质教育的主要内容。整治期间，组织编制了《农产品质量安全人人有责》、《高毒农药替代产品和使用技术》、《饲料安全食品安全》宣传挂图，组织印发４５万多份，向农民发放《农业部就农资问题致全国农民的公开信》，全国共发放２０７７万份，指导农民科学选购和合理使用农资，编写并发放了《食用农产品安全消费８０问》、《饲料安全１００问》、《农产品安全生产基本知识》、《水产养殖病害防治手册》、《渔药安全使用、控制和管理》等系列丛书３５万多册，加强了教育培训和技术指导力度。据不完全统计，各地已印制各种宣传材料３６２１万份，指导、培训农民４０００多万户。
　　五是广泛宣传引导，营造全社会关心农产品质量安全的良好氛围。围绕专项整治的目标和任务，农业部和各地组织了形式多样的宣传活动。与全国人大农委、法律委、国务院法制办联合召开了《农产品质量安全法》实施一周年座谈会，乌云其木格副委员长出席讲话。２００７年９月、１０月和２００８年１月，在国务院新闻办先后三次召开以农产品专项整治为主题的新闻发布会，高鸿宾副部长通报农产品专项整治情况并回答了中外记者的提问。２００７年１１月下旬，高鸿宾副部长先后接受中央电视台《新闻调查》和《今日关注》栏目关于农产品质量安全问题的访谈。全国畜牧业系统开展了“畜产品安全到乡村”活动。全国农产品整治组印发农产品专项整治简报７８期，向国务院产品质量和食品安全专项整治领导小组办公室网站报送信息３１９条，在中央及地方媒体发布信息１１００余条。在农业部门户网站“中国农业信息网”和涉农行业网站开辟“农产品专项整治”专栏，发布信息８００余条，并开通“在线直播”，制作“科学实用投入品，农资打假保安全”网上访谈。
　　六是及时总结经验，着力构建农产品质量安全监管长效机制。坚持边整治、边总结、边规范，在完成国务院方案确定的目标任务基础上，农业部着力探索农产品质量安全工作长效机制，先后出台了七个部门规章和办法。２００７年１１月２４日，在湖南长沙召开了“全国农产品专项整治座谈会”，交流各地在专项整治中探索的好经验、好做法，专题研讨建立农产品质量安全监管长效机制。各地结合实际，不断创新工作思路，努力健全体制机制。上海市利用ＩＣ卡、互联网等信息技术，建立起了从生猪定点屠宰场、批发市场、配送企业到标准化菜市场的食用农产品流通全程信息追溯系统。辽宁省颁布实施了全国首部地方性水产品质量安全政府规章———《水产品质量安全管理办法》，从全过程遏制水产品污染。贵州省颁布了《农产品质量安全条例》，禁止农产品生产企业、农民专业合作经济组织在生产过程中使用违禁农业投入品等７种行为。